AT2G33550.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 0.995 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
Homeodomain-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: MYB-like (InterPro:IPR017877); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: sequence-specific DNA binding transcription factors (TAIR:AT4G31270.1); Has 743 Blast hits to 735 proteins in 54 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 25; Fungi - 8; Plants - 568; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 142 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr2:-:14210180..14211487 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 34863.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 6.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 314 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALEQLGLGV SAVDGGENSS APSNDGGDDG VKTARLPRWT RQEILVLIQG KRVAENRVRR GRAAGMALGS GQMEPKWASV SSYCKRHGVN RGPVQCRKRW 101: SNLAGDYKKI KEWESQIKEE TESYWVMRND VRREKKLPGF FDKEVYDIVD GGVIPPAVPV LSLGLAPASD EGLLSDLDRR ESPEKLNSTP VAKSVTDVID 201: KEKQEACVAD QGRVKEKQPE AANVEGGSTS QEERKRKRTS FGEKEEEEEE GETKKMQNQL IEILERNGQL LAAQLEVQNL NLKLDREQRK DHGDSLVAVL 301: NKLADAVAKI ADKM |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)