AT3G57390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AGAMOUS-like 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a MADS-box containing protein likely to be a transcription factor that is expressed in endosperm and developing gametophytes. The protein sequence is most similar to that of AGL15, which is expressed in developing embryos. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AGAMOUS-like 18 (AGL18); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, MADS-box (InterPro:IPR002100), Transcription factor, K-box (InterPro:IPR002487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AGAMOUS-like 15 (TAIR:AT5G13790.1); Has 6796 Blast hits to 6793 proteins in 870 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 633; Fungi - 312; Plants - 5770; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 81 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:21233910..21235735 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28876.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 256 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRGRIEIKK IENINSRQVT FSKRRNGLIK KAKELSILCD AEVALIIFSS TGKIYDFSSV CMEQILSRYG YTTASTEHKQ QREHQLLICA SHGNEAVLRN 101: DDSMKGELER LQLAIERLKG KELEGMSFPD LISLENQLNE SLHSVKDQKT QILLNQIERS RIQEKKALEE NQILRKQVEM LGRGSGPKVL NERPQDSSPE 201: ADPESSSSEE DENDNEEHHS DTSLQLGLSS TGYCTKRKKP KIELVCDNSG SQVASD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)