AT4G04860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DERLIN-2.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DERLIN-2.2 (DER2.2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Der1-like (InterPro:IPR007599); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DERLIN-2.1 (TAIR:AT4G21810.1); Has 863 Blast hits to 862 proteins in 227 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 343; Fungi - 190; Plants - 145; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 185 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:2460135..2461378 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28099.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 244 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQAVEEWYK QMPIITRSYL TAAVITTVGC SLDIISPYNL YLNPTLVVKQ YQYWRLVTNF LYFRKMDLDF MFHMFFLARY CKLLEENSFR GKTADFLYML 101: LFGASVLTGI VLIGGMIPYL SASFAKIIFL SNSLTFMMVY VWSKQNPYIH MSFLGLFTFT AAYLPWVLLG FSILVGASAW VDLLGMIAGH AYYFLAEVYP 201: RMTNRRPLKT PSFLKALFAD EPVVVARPED VRFAAAPFDE IHQD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)