AT1G05700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.850 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase protein; FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: shoot, stem, hypocotyl, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase protein (TAIR:AT4G29990.1); Has 163331 Blast hits to 124125 proteins in 4749 species: Archae - 121; Bacteria - 14440; Metazoa - 44652; Fungi - 9862; Plants - 74464; Viruses - 498; Other Eukaryotes - 19294 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1709796..1713245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 94985.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 852 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEFRFLYLI YSAAFALCLV VSVLAQDQSG FISIDCGIPS GSSYKDDTTG INYVSDSSFV ETGVSKSIPF TAQRQLQNLR SFPEGSRNCY TLIPIQGKGK 101: KYLIRASFMY GNYDGENGSP EFDLFLGGNI WDTVLLSNGS SIVSKEVVYL SQSENIFVCL GNKGKGTPFI STLELRFLGN DNTTYDSPNG ALFFSRRWDL 201: RSLMGSPVRY DDDVYDRIWI PRNFGYCREI NTSLPVTSDN NSYSLSSLVM STAMTPINTT RPITMTLENS DPNVRYFVYM HFAEVEDLSL KPNQTREFDI 301: SINGVTVAAG FSPKYLQTNT FFLNPESQSK IAFSLVRTPK STLPPIVNAL EIYVANSFSQ SLTNQEDGDA VTSLKTSYKV KKNWHGDPCL PNDYIWEGLN 401: CSYDSLTPPR ITSLNLSSSG LTGHISSSFS NLTMIQELDL SNNGLTGDIP EFLSKLKFLR VLNLENNTLT GSVPSELLER SNTGSFSLRL GENPGLCTEI 501: SCRKSNSKKL VIPLVASFAA LFILLLLSGV FWRIRNRRNK SVNSAPQTSP MAKSENKLLF TFADVIKMTN NFGQVLGKGG FGTVYHGFYD NLQVAVKLLS 601: ETSAQGFKEF RSEVEVLVRV HHVNLTALIG YFHEGDQMGL IYEFMANGNM ADHLAGKYQH TLSWRQRLQI ALDAAQGLEY LHCGCKPPIV HRDVKTSNIL 701: LNEKNRAKLA DFGLSRSFHT ESRSHVSTLV AGTPGYLDPL CFETNGLNEK SDIYSFGVVL LEMITGKTVI KESQTKRVHV SDWVISILRS TNDVNNVIDS 801: KMAKDFDVNS VWKVVELALS SVSQNVSDRP NMPHIVRGLN ECLQREESNK NY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)