AT3G23050.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : indole-3-acetic acid 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Transcription regulator acting as repressor of auxin-inducible gene expression. Plays role in the control of gravitropic growth and development in light-grown seedlings. Auxin induces the degradation of the protein in a dosage-dependent manner in a process mediated by AtRac1. Auxin induced the relocalization of the protein within the nucleus from a diffused nucleoplasmic pattern to a discrete particulated pattern named nuclear protein bodies or NPB in a process also mediated by Rac1. Colocalizes with SCF, CSN and 26S proteasome components. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
indole-3-acetic acid 7 (IAA7); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aux/IAA-ARF-dimerisation (InterPro:IPR011525), AUX/IAA protein (InterPro:IPR003311); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: indole-3-acetic acid inducible 14 (TAIR:AT4G14550.1); Has 1682 Blast hits to 1681 proteins in 74 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1681; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:8194768..8196716 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26382.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 243 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIGQLMNLKA TELCLGLPGG AEAVESPAKS AVGSKRGFSE TVDLMLNLQS NKEGSVDLKN VSAVPKEKTT LKDPSKPPAK AQVVGWPPVR NYRKNMMTQQ 101: KTSSGAEEAS SEKAGNFGGG AAGAGLVKVS MDGAPYLRKV DLKMYKSYQD LSDALAKMFS SFTMGNYGAQ GMIDFMNESK LMNLLNSSEY VPSYEDKDGD 201: WMLVGDVPWE MFVESCKRLR IMKGSEAVGL APRAMEKYCK NRS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)