AT2G45070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Preprotein translocase Sec, Sec61-beta subunit protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Sec61 Beta Subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SUPPRESSORS OF SECRETION-DEFECTIVE 61 BETA (SEC61 BETA); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Preprotein translocase Sec, Sec61-beta subunit, eukarya (InterPro:IPR016482), Preprotein translocase Sec, Sec61-beta subunit (InterPro:IPR005609); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Preprotein translocase Sec, Sec61-beta subunit protein (TAIR:AT3G60540.2); Has 394 Blast hits to 394 proteins in 149 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 136; Fungi - 114; Plants - 109; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 35 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:18587208..18587456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 8217.14 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 82 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MVGSGAPQRG SAAATASMRR RKPTSGAGGG GASGGAAGSM LQFYTDDAPG LKISPNVVLI MSIGFIAFVA VLHVMGKLYF VK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)