AT3G60540.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Preprotein translocase Sec, Sec61-beta subunit protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Preprotein translocase Sec, Sec61-beta subunit protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Preprotein translocase Sec, Sec61-beta subunit, eukarya (InterPro:IPR016482), Preprotein translocase Sec, Sec61-beta subunit (InterPro:IPR005609); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Preprotein translocase Sec, Sec61-beta subunit protein (TAIR:AT2G45070.4); Has 393 Blast hits to 393 proteins in 149 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 136; Fungi - 114; Plants - 109; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 34 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22375132..22375377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 8217.18 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 81 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MVGGGAPQRG SAAATASMRR RKPAGGSSSA GGGAGTMLQF YTDDAPGLKI SPNVVLIMSI GFIAFVAVLH VMGKLYFVKS K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)