AT5G52050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : MATE efflux family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
MATE efflux family protein; FUNCTIONS IN: antiporter activity, drug transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: drug transmembrane transport, transmembrane transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multi antimicrobial extrusion protein MatE (InterPro:IPR002528); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MATE efflux family protein (TAIR:AT4G23030.1); Has 10796 Blast hits to 10712 proteins in 2003 species: Archae - 245; Bacteria - 7617; Metazoa - 145; Fungi - 324; Plants - 1294; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1171 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21138933..21140450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54973.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 505 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSQSNRVRDE VTLPLLQKTS HLKNHSSVLS VFLNEAISIC KISYPLVLTG LFLYVRSFVS LSFLGGLGDA TLAGGSLAAA FANITGYSLF SGLTMGVESI 101: CSQAFGARRY NYVCASVKRG IILLLVTSLP VTLLWMNMEK ILLILKQDKK LASEAHIFLL YSVPDLVAQS FLHPLRVYLR TQSKTLPLSI CTVIASFLHL 201: PITFFLVSYL GLGIKGIALS GVVSNFNLVA FLFLYICFFE DKLSVNEDEK ITEETCEDSV REWKKLLCLA IPSCISVCLE WWCYEIMILL CGFLLDPKAS 301: VASMGILIQI TSLVYIFPHS LSLGVSTRVG NELGSNQPKR ARRAAIVGLG LSIALGFTAF AFTVSVRNTW AMFFTDDKEI MKLTAMALPI VGLCELGNCP 401: QTTGCGVLRG SARPKIGANI NGVAFYAVGI PVGAVLAFWF GFGFKGLWLG MLAAQITCVI GMMAATCRTD WELEAERAKV LTTAVDCGSS DDDAKEDMEA 501: GMVDK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)