AT1G58100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TCP family transcription factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
TCP family transcription factor ; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, TCP (InterPro:IPR005333), Transcription factor TCP subgroup (InterPro:IPR017887); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TCP family transcription factor (TAIR:AT1G35560.1); Has 469 Blast hits to 463 proteins in 47 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 51; Fungi - 2; Plants - 404; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21512680..21513885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42473.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 401 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLSDIRNNN NDTAAVATGG GARQLVDASL SIVPRSTPPE DSTLATTSST ATATTTKRST KDRHTKVDGR GRRIRMPALC AARVFQLTRE LGHKSDGETI 101: EWLLQQAEPA IVAATGTGTI PANFSTLSVS LRSSGSTLSA PPSKSVPLYG ALGLTHHQYD EQGGGGVFAA HTSPLLGFHH QLQHHQNQNQ NQDPVETIPE 201: GENFSRKRYR SVDLSKENDD RKQNENKSLK ESETSGPTAA PMWAVAPPSR SGAGNTFWML PVPTTAGNQM ESSSNNNTAA GHRAPPMWPF VNSAGGGAGG 301: GGGAATHFMA GTGFSFPMDQ YRGSPLQLGS FLAQPQPTQN LGLSMPDSNL GMLAALNSAY SRGGNANANA EQANNAVEHQ EKQQQSDHDD DSREENSNSS 401: E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)