AT5G64920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : COP1-interacting protein 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a RING-H2 protein that interacts with the RING finger domain of COP1. CIP8 exhibits a strong interaction with the E2 ubiquitin conjugating enzyme AtUBC8 through its N-terminal domain and promotes ubiquitination in an E2-dependent fashion in vitro. It is possible that the AtUBC8-CIP8 module might interact with COP1 in vivo, thereby participating in proteasome-mediated degradation of HY5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
COP1-interacting protein 8 (CIP8); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT5G01980.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25944338..25945342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36967.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 334 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDAPSSSPD ATASHWCYHC NKRVVVETLD DFVVCCECNK GFVESIQPTP AAYSSPAPPQ PLSPDLNVED SSIGSHFLQM LRLLAHAPSQ RSPPRHLDVL 101: SYEDDFFRLE LNSRNEIDDD EDEDEDDGDE EEEDEEENLT VNDEEDEEDD LRRRNRFPLT TTQSRTGRNR ILDWAEILMG IEDNSIEFRM ESDRYAGNPA 201: DYIDDAAGYE ALLQNLAEGD GGGGGGRRGA PPAAKSAIEA LETFEVSSSE GEMVMVCAVC KDGMVMGETG KKLPCGHCYH GDCIVPWLGT RNSCPVCRFQ 301: LETDDAEYEE ERKKRTSTVS DSAAASSSSS TSRY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)