AT5G41700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.893 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin conjugating enzyme 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
One of the polypeptides that constitute the ubiquitin-conjugating enzyme E2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin conjugating enzyme 8 (UBC8); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like (InterPro:IPR016135), Ubiquitin-conjugating enzyme, E2 (InterPro:IPR000608); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-conjugating enzyme 28 (TAIR:AT1G64230.2); Has 10659 Blast hits to 10620 proteins in 402 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 4622; Fungi - 2335; Plants - 1937; Viruses - 26; Other Eukaryotes - 1735 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:16676072..16677223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16534.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 148 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASKRILKEL KDLQKDPPTS CSAGPVAEDM FHWQATIMGP AESPYSGGVF LVTIHFPPDY PFKPPKVAFR TKVFHPNINS NGSICLDILK EQWSPALTIS 101: KVLLSICSLL TDPNPDDPLV PEIAHMYKTD RAKYEATARN WTQKYAMG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)