AT5G46250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: ribonucleoprotein complex, nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), RNA-binding protein Lupus La (InterPro:IPR006630), Lupus La protein (InterPro:IPR002344), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding protein (TAIR:AT3G19090.1); Has 1603 Blast hits to 1601 proteins in 212 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 875; Fungi - 249; Plants - 311; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 164 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:18755388..18758056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46844.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 422 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSLPLRSGE KMESPSISDA VPLHAPEDAT ADFSQPQSPL HEVDSFPVTE SSDDVVVNVS EIPNLSPSDD DFDHERNSGE DRDQDHGENP VETDGVVVPI 101: DELNQKIIRQ VEYYFSDENL PTDKFLLNAM KRNKKGFVPI STIATFHKMK KLTRDHALIV SALKESSFLV VSADEKKVKR LSPLPEIRDP KIFTVLVENL 201: PEDHSNENIR EIFGKAGSIK SVSICDPNAV EESEKGGKKE NFIRTRLHAF VEYETVEAAE KAAATLNNEQ DWRNGLRVKL LEQAAGKFAQ RRPARREVDK 301: EKDTTGRVHD QTGGEKNKKT REHQNHRLHH SDNPADDDGG NHQKDKNGNK GRVVGQGRRQ NHQGGNGIGH GTASSSSHPN YHPVEVSKRP PGPRMPDGTR 401: GFTMGRGKAI PPPTSTQTSH EV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)