AT5G56840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : myb-like transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
myb-like transcription factor family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myb-like transcription factor family protein (TAIR:AT5G47390.1); Has 1025 Blast hits to 1022 proteins in 100 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 894; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 129 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22980789..22982152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25318.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 233 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRRCSHCGN VGHNSRTCSS YQTRVVRLFG VHLDTTSSSP PPPPPPSILA AAIKKSFSMD CLPACSSSSS SFAGYLSDGL AHKTPDRKKG VPWTAEEHRT 101: FLIGLEKLGK GDWRGISRNF VVTKSPTQVA SHAQKYFLRQ TTTLHHKRRR TSLFDMVSAG NVEENSTTKR ICNDHIGSSS KVVWKQGLLN PRLGYPDPKV 201: SVSGSGNSGG LDLELKLASI QSPESNIRPI SVT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)