AT4G02195.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of SYP4 Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 42 (SYP42); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012), t-SNARE (InterPro:IPR010989), Syntaxin, N-terminal (InterPro:IPR006011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 41 (TAIR:AT5G26980.2); Has 2124 Blast hits to 2113 proteins in 267 species: Archae - 1; Bacteria - 23; Metazoa - 914; Fungi - 468; Plants - 361; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 357 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:970099..972192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36434.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 323 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATRNRTTVY RKHRDACKSA RAPLSLSASD SFGGPVIEMV SGSFSRSNHS SYAPLNSYDP GPSSSDAFTI GMPPAWVDDS EEITFNIQKV RDKMNELAKA 101: HSKALMPTFG DNKGIHREVE MLTHEITDLL RKSEKRLQML STRGPSEESN LRKNVQRSLA TDLQNLSMEL RRKQSTYLKR LQQQKEGQDE VDLEFNVNGK 201: MSRLDEEDEL GGMGFDEHQT IKLKEGQHVS AEREREIQQV LGSVNDLAQI MKDLSALVID QGTIVDRIDY NVQNVSTSVE EGYKQLQKAE RTQREGAMVK 301: CATILLVLCL IMIVLLILKN ILF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)