AT1G51740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of SYP8 Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 81 (SYP81); INVOLVED IN: vesicle-mediated transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: t-SNARE (InterPro:IPR010989), SNARE-complex protein Syntaxin-18 N-terminal (InterPro:IPR019529); Has 429 Blast hits to 426 proteins in 142 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 200; Fungi - 82; Plants - 110; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 37 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19189063..19191188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35575.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRFRDRTED FKDSVRNSAV SIGYNESKVA STMASFIIHK PKERSPFTKA AFKTLDSIKE LELFMLKHRK DYVDLHRTTE QEKDSIEQEV AAFIKACKEQ 101: IDILINSIRN EEANSKGWLG LPADNFNADS IAHKHGVVLI LSEKLHSVTA QFDQLRATRF QDIINRAMPR RKPKRVIKEA TPINTTLGNS ESIEPDEIQA 201: QPRRLQQQQL LDDETQALQV ELSNLLDGAR QTETKMVEMS ALNHLMATHV LQQAQQIEFL YDQAVEATKN VELGNKELSQ AIQRNSSSRT FLLLFFFVLT 301: FSVLFLDWYS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)