AT1G49950.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : telomere repeat binding factor 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a telomeric DNA binding protein. In vitro, an N-terminal Myb domain enables it to interact with double-stranded telomeric repeats. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
telomere repeat binding factor 1 (TRB1); FUNCTIONS IN: DNA binding, protein homodimerization activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity, double-stranded telomeric DNA binding; INVOLVED IN: in 8 processes; LOCATED IN: nucleus, nucleosome; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Histone H1/H5 (InterPro:IPR005818), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: telomere repeat binding factor 3 (TAIR:AT3G49850.1); Has 1029 Blast hits to 1009 proteins in 184 species: Archae - 7; Bacteria - 85; Metazoa - 120; Fungi - 83; Plants - 636; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 98 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:18494439..18496713 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33018.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 300 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGAPKQKWTQ EEESALKSGV IKHGPGKWRT ILKDPEFSGV LYLRSNVDLK DKWRNMSVMA NGWGSREKSR LAVKRTFSLP KQEENSLALT NSLQSDEENV 101: DATSGLQVSS NPPPRRPNVR LDSLIMEAIA TLKEPGGCNK TTIGAYIEDQ YHAPPDFKRL LSTKLKYLTS CGKLVKVKRK YRIPNSTPLS SHRRKGLGVF 201: GGKQRTSSLP SPKTDIDEVN FQTRSQIDTE IARMKSMNVH EAAAVAAQAV AEAEAAMAEA EEAAKEAEAA EAEAEAAQAF AEEASKTLKG RNICKMMIRA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)