AT3G49850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : telomere repeat binding factor 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a telomeric DNA binding protein. In vitro, the protein preferentially binds double-stranded telomeric repeats, but it can also bind to the single G-rich telomeric strand. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
telomere repeat binding factor 3 (TRB3); FUNCTIONS IN: single-stranded telomeric DNA binding, DNA binding, protein homodimerization activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity, double-stranded telomeric DNA binding; INVOLVED IN: in 7 processes; LOCATED IN: nucleus, nucleosome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Histone H1/H5 (InterPro:IPR005818), Myb transcription factor (InterPro:IPR015495), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like/winged-helix DNA-binding family protein (TAIR:AT5G67580.2); Has 536 Blast hits to 530 proteins in 102 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 28; Fungi - 59; Plants - 395; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 54 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:18489451..18490731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32248.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 295 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGAPKLKWTP EEETALKAGV LKHGTGKWRT ILSDPVYSTI LKSRSNVDLK DKWRNISVTA LWGSRKKAKL ALKRTPLSGS RQDDNATAIT IVSLANGDVG 101: GQQIDAPSPP AGSCEPPRPS TSVDKIILEA ITSLKRPFGP DGKSILMYIE ENFKMQPDMK RLVTSRLKYL TNVGTLVKKK HKYRISQNYM AEGEGQRSPQ 201: LLLEGNKENT PKPEENGVKN LTKSQVGGEV MIMGMTEKEA AAAAARAVAE AEFAMAEAEE AAREADKAEA EAEAAHIFAK AAMKAVKYRM HSQTR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)