AT1G63170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein (TAIR:AT1G12760.1); Has 9547 Blast hits to 9526 proteins in 279 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 2543; Fungi - 730; Plants - 5047; Viruses - 25; Other Eukaryotes - 1196 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23425574..23427073 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42678.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 381 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRETTTEAT PLILTDGGGG RRSVRRQGLR EAARLLRHAS SGRMMMREPS MLVREAAAEQ LEERQSDWAY SKPVVVLDFV WNLAFVVVAT AVLVLSSDEN 101: PNMPLRVWII GYGLQCMMHM VCVCVEYRRR NSRRRRDLSP RSSSSSSSSS SSMDEEEGLG LSRNSDERYL ELGQLENENN SFAKHLESAN TMISFIWWVI 201: GFYWVSSGGQ ELAQGSPQLY WLCIVFLGFD VFFVVFCVAL ACVIGIAVCC CLPCIIAVLY AVAEQEGASK EDIDQLTKFK FRKVGDTMKH TVDEEQGQGD 301: SGGVMTECGT DSPVEHALPH EDAECCICLS AYEDETELRE LPCGHHFHCG CVDKWLYINA TCPLCKYNIL KSSNYEEGEE V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)