AT2G06000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein (TAIR:AT1G09900.1); Has 50374 Blast hits to 14280 proteins in 277 species: Archae - 4; Bacteria - 40; Metazoa - 520; Fungi - 618; Plants - 47817; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1375 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:2328000..2329610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59776.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 536 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIRTTFATAI AHFHTHSHGG AQARPLQNNT REVIHCPEAW LVKIVSTLFV YRVPDSDLCF CYLSKNLNPF ISFEVVKKLD NNPHIGFRFW EFSRFKLNIR 101: HSFWTYNLLT RSLCKAGLHD LAGQMFECMK SDGVSPNNRL LGFLVSSFAE KGKLHFATAL LLQSFEVEGC CMVVNSLLNT LVKLDRVEDA MKLFDEHLRF 201: QSCNDTKTFN ILIRGLCGVG KAEKALELLG VMSGFGCEPD IVTYNTLIQG FCKSNELNKA SEMFKDVKSG SVCSPDVVTY TSMISGYCKA GKMREASSLL 301: DDMLRLGIYP TNVTFNVLVD GYAKAGEMLT AEEIRGKMIS FGCFPDVVTF TSLIDGYCRV GQVSQGFRLW EEMNARGMFP NAFTYSILIN ALCNENRLLK 401: ARELLGQLAS KDIIPQPFMY NPVIDGFCKA GKVNEANVIV EEMEKKKCKP DKITFTILII GHCMKGRMFE AVSIFHKMVA IGCSPDKITV SSLLSCLLKA 501: GMAKEAYHLN QIARKGQSNN VVPLETKTAN ATLAAC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)