AT3G54470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : uridine 5'-monophosphate synthase / UMP synthase (PYRE-F) (UMPS) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes the bi-functional orotate phosphoribosyltransferase/orotidine-5'-phosphate decarboxylase catalyzing the fifth and sixth step in the de novo pyrimidine ribonucleotide biosynthesis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
uridine 5'-monophosphate synthase / UMP synthase (PYRE-F) (UMPS); FUNCTIONS IN: orotate phosphoribosyltransferase activity, orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, cellular response to phosphate starvation, pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process, nucleoside metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: guard cell, cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, subfamily 1, core (InterPro:IPR014732), Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site (InterPro:IPR018089), Ribulose-phosphate binding barrel (InterPro:IPR011060), Phosphoribosyltransferase (InterPro:IPR000836), Orotate phosphoribosyl transferase (InterPro:IPR004467), Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, core (InterPro:IPR001754); Has 9174 Blast hits to 9124 proteins in 2964 species: Archae - 386; Bacteria - 5538; Metazoa - 208; Fungi - 955; Plants - 89; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1995 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20168285..20170245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51853.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 476 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSAMEALILQ LHEIGAVKFG NFKLKSGIFS PVYIDLRLIV SYPSLLTQIS QTLISSLPPS ATFDVVCGVP YTALPIATVV SVSNGIPMLM RRKEIKDYGT 101: SKAIEGIFEK DQTCLIIEDL VTSGASVLET AAPLRAVGLK VSDAVVLIDR QQGGRENLAE NGIKLHSMIM LTDMVRVLKE KGKIEVEVEV NLLKFLEENR 201: RVSVPSVEKP KPKPRVLGFK ERSELSKNPT GKKLFDIMLK KETNLCLAAD VGTAAELLDI ADKVGPEICL LKTHVDILPD FTPDFGSKLR AIADKHKFLI 301: FEDRKFADIG NTVTMQYEGG IFKILEWADI INAHVISGPG IVDGLKLKGM PRGRGLLLLA EMSSAGNLAT GDYTAAAVKI ADAHSDFVMG FISVNPASWK 401: CGYVYPSMIH ATPGVQMVKG GDALGQQYNT PHSVITERGS DIIIVGRGII KAENPAETAH EYRVQGWNAY LEKCSQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)