AT1G69640.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : sphingoid base hydroxylase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of the two redundant sphingoid base hydroxylases (SBH). Involved in sphingolipid trihydroxy long-chain base (4-hydroxysphinganine) biosynthesis. Double mutants of SBHs were dwarfed and not able to progress from vegetative to reproductive growth. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
sphingoid base hydroxylase 1 (SBH1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fatty acid hydroxylase (InterPro:IPR006694); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: sphingoid base hydroxylase 2 (TAIR:AT1G14290.1); Has 2400 Blast hits to 2339 proteins in 395 species: Archae - 0; Bacteria - 406; Metazoa - 416; Fungi - 708; Plants - 429; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 438 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26193933..26195466 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29821.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 260 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMMGFAVSDE LLGTVAPIVV YWLYSGIYVA LSSLESYRLH SKVEEEEKNL VSKSSVVKGV LVQQVVQAVV AILLFTVTGS DAEADKAQQF SFLVLARQFV 101: TAMIVLDTWQ YFMHRYMHQN KFLYKHIHSQ HHRLIVPYAY GALYNHPVEG LLLDTIGGAL SFLVSGMSPR TSIFFFSFAT IKTVDDHCGL WLPGNLFHMV 201: FKNNSAYHDI HHQLYGTKYN FSQPFFVMWD RILGTYMPYS LEKREDGGFE ARPTKEFKDD |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)