AT1G43700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : VIRE2-interacting protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a VirE2-interacting protein. VIP1 mediates nuclear translocation of VirE2 via its amino half, and interacts with histone H2A via it carboxyl half. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VIRE2-interacting protein 1 (VIP1); FUNCTIONS IN: protein binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: cellular response to sulfate starvation, sulfate transport, DNA mediated transformation, nuclear import; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor (InterPro:IPR004827), Basic leucine zipper (InterPro:IPR011700); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor family protein (TAIR:AT1G06070.1); Has 1450 Blast hits to 1450 proteins in 153 species: Archae - 0; Bacteria - 51; Metazoa - 59; Fungi - 47; Plants - 1254; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 39 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:16484352..16486017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37793.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 341 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGGGRGPNQ TILSEIEHMP EAPRQRISHH RRARSETFFS GESIDDLLLF DPSDIDFSSL DFLNAPPPPQ QSQQQPQASP MSVDSEETSS NGVVPPNSLP 101: PKPEARFGRH VRSFSVDSDF FDDLGVTEEK FIATSSGEKK KGNHHHSRSN SMDGEMSSAS FNIESILASV SGKDSGKKNM GMGGDRLAEL ALLDPKRAKR 201: ILANRQSAAR SKERKIRYTG ELERKVQTLQ NEATTLSAQV TMLQRGTSEL NTENKHLKMR LQALEQQAEL RDALNEALRD ELNRLKVVAG EIPQGNGNSY 301: NRAQFSSQQS AMNQFGNKTN QQMSTNGQPS LPSYMDFTKR G |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)