AT5G22000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING-H2 group F2A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a RING-type E3 ubiquitin ligase implicated in gametogenesis. Double mutant analyses with RHF1a suggests that RHF2a may be involved in targetting ICK4KRP6 for degradation following meiosis in order to allow the mitoses associated with megagametogenesis and microgametogenesis to occur. RHF2a is expressed in all four floral whorls and is present at ~8-fold higher levels than RHF1a in inflorescences by RT-PCR analyses. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING-H2 group F2A (RHF2A); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: regulation of cell cycle, proteolysis involved in cellular protein catabolic process, megagametogenesis, microgametogenesis; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING-H2 group F1A (TAIR:AT4G14220.1); Has 8011 Blast hits to 5867 proteins in 317 species: Archae - 0; Bacteria - 141; Metazoa - 1822; Fungi - 396; Plants - 2620; Viruses - 42; Other Eukaryotes - 2990 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:7277436..7279553 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41030.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 375 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGAGETTTS EGHLTSAAAF VEGGIQDACD DACSICLESF CESDPSTLTS CKHEYHLQCI LEWCQRSSQC PMCWQSISLK DPTSQELLEA VEQERNFRFN 101: PTRNATIFRH PTLGDFELQH LPVGVDNAEI EERIIQHLAA AAAMGRARHG VRREGHRSRS SSQGHQQFMV FSSQPNASSP PPHPPMPSSP SQRDESDTVS 201: NLPHNALGEG SHQSNTQPPT SSHPRQVSPS ASDSNSRPLN QSSPSEQDRA GPSELQSFSE SLKSRLNAVS TRYKESISKN TRNWKDRLFS RNTSMADLGS 301: EVKREVSAGI ATVSRMMERL ETRENSRPST ASVSDVSENH TPETNNEHNR AAAGDEHSVN ERGVKETCAT GSGSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)