AT1G08890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.990 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Major facilitator superfamily protein; FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: chloroplast, membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT1G08900.2); Has 22268 Blast hits to 21798 proteins in 1696 species: Archae - 379; Bacteria - 7327; Metazoa - 4739; Fungi - 6227; Plants - 2471; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1125 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2848374..2852016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50968.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 464 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESGSMKTPL VNNQEEARSS SSITCGLLLS TSVAVTGSFV YGCAMSYSSP AQSKIMEELG LSVADYSFFT SVMTLGGMIT AAFSGKIAAV IGRRQTMWIA 101: DVFCIFGWLA VAFAHDKMLL NIGRGFLGFG VGLISYVVPV YIAEITPKAF RGGFSFSNQL LQSFGISLMF FTGNFFHWRT LALLSAIPCG IQMICLFFIP 201: ESPRWLAMYG RERELEVTLK RLRGENGDIL EEAAEIRETV ETSRRESRSG LKDLFNMKNA HPLIIGLGLM LLQQFCGSSA ISAYAARIFD TAGFPSDIGT 301: SILAVILVPQ SIIVMFAVDR CGRRPLLMSS SIGLCICSFL IGLSYYLQNH GDFQEFCSPI LIVGLVGYVL SFGIGLGGLP WVIMSEVFPV NVKITAGSLV 401: TVSNWFFSWI IIFSFNFMMQ WSAFGTYFIF AGVSLMSFVF VWTLVPETKG RTLEDIQQSL GQLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)