AT3G05880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Low temperature and salt responsive protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Induced by low temperatures, dehydration and salt stress and ABA. Encodes a small (54 amino acids), highly hydrophobic protein that bears two potential transmembrane domains. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RARE-COLD-INDUCIBLE 2A (RCI2A); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised protein family UPF0057 (InterPro:IPR000612); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Low temperature and salt responsive protein family (TAIR:AT3G05890.1); Has 1394 Blast hits to 1394 proteins in 470 species: Archae - 0; Bacteria - 656; Metazoa - 39; Fungi - 282; Plants - 382; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 35 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1756195..1756494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 5962.75 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 1.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 54 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MSTATFVDII IAILLPPLGV FLRFGCGVEF WICLVLTLLG YIPGIIYAIY VLTK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)