AT1G71380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cellulase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
cellulase 3 (CEL3); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: cell wall, plasma membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Six-hairpin glycosidase (InterPro:IPR012341), Six-hairpin glycosidase-like (InterPro:IPR008928), Glycoside hydrolase, family 9, active site (InterPro:IPR018221), Glycoside hydrolase, family 9 (InterPro:IPR001701); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cellulase 5 (TAIR:AT1G22880.1); Has 1752 Blast hits to 1741 proteins in 250 species: Archae - 2; Bacteria - 607; Metazoa - 172; Fungi - 17; Plants - 917; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 37 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26899989..26901749 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53276.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 484 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSLFFFVLL FSSLLISNGD ANPNYKEALS KSLLFFQGQR SGPLPRGQQI SWRASSGLSD GSAAHVDLTG GYYDAGDNVK FNLPMAFTTT MLSWSALEYG 101: KRMGPELENA RVNIRWATDY LLKCARATPG KLYVGVGDPN VDHKCWERPE DMDTPRTVYS VSASNPGSDV AAETAAALAA ASMVFRKVDS KYSRLLLATA 201: KDVMQFAIQY QGAYSDSLSS SVCPFYCSYS GYKDELMWGA SWLLRATNNP YYANFIKSLG GGDQPDIFSW DNKYAGAYVL LSRRALLNKD SNFEQYKQAA 301: ENFICKILPD SPSSSTQYTQ GGLMYKLPQS NLQYVTSITF LLTTYAKYMK ATKHTFNCGS SVIVPNALIS LSKRQVDYIL GDNPIKMSYM VGFSSNFPKR 401: IHHRASSLPS HALRSQSLGC NGGFQSFYTQ NPNPNILTGA IVGGPNQNDG YPDQRDDYSH AEPATYINAA FVGPLAYFAA GRST |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)