AT3G13640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.867 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNAse l inhibitor protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of RLI subfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNAse l inhibitor protein 1 (RLI1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), 4Fe-4S binding domain (InterPro:IPR001450), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulpur binding domain (InterPro:IPR017896), 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site (InterPro:IPR017900), RNase L inhibitor RLI, possible metal-binding domain (InterPro:IPR007209), ABC transporter, ABCE (InterPro:IPR013283), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNAse l inhibitor protein 2 (TAIR:AT4G19210.1); Has 520439 Blast hits to 315557 proteins in 3815 species: Archae - 10736; Bacteria - 429136; Metazoa - 8543; Fungi - 4048; Plants - 4551; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 63408 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4458751..4461323 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68164.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 603 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDRLTRIAI VSEDRCKPKK CRQECKKSCP VVKTGKLCIE VGSTSKSAFI SEELCIGCGI CVKKCPFEAI QIINLPKDLA KDTTHRYGAN GFKLHRLPIP 101: RPGQVLGLVG TNGIGKSTAL KILAGKLKPN LGRFNTPPDW EEILTHFRGS ELQSYFIRVV EENLKTAIKP QHVDYIKEVV RGNLGKMLEK LDERGLMEEI 201: CADMELNQVL EREARQVSGG ELQRFAIAAV FVKKADIYMF DEPSSYLDVR QRLKAAQVIR SLLRHDSYVI VVEHDLSVLD YLSDFVCCLY GKPGAYGVVT 301: LPFSVREGIN VFLAGFIPTE NLRFRDESLT FRVSETTQEN DGEVKSYARY KYPNMTKQLG DFKLEVMEGE FTDSQIIVML GENGTGKTTF IRMLAGAFPR 401: EEGVQSEIPE FNVSYKPQGN DSKRECTVRQ LLHDKIRDAC AHPQFMSDVI RPLQIEQLMD QVVKTLSGGE KQRVAITLCL GKPADIYLID EPSAHLDSEQ 501: RITASKVIKR FILHAKKTAF IVEHDFIMAT YLADRVIVYE GQPAVKCIAH SPQSLLSGMN HFLSHLNITF RRDPTNFRPR INKLESIKDK EQKTAGSYYY 601: LDD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)