AT3G54340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : K-box region and MADS-box transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Floral homeotic gene encoding a MADS domain protein homologous to SRF transcription factors. Specifies petal and stamen identities. Associates with PISTILLATA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
APETALA 3 (AP3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, MADS-box (InterPro:IPR002100), Transcription factor, K-box (InterPro:IPR002487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AGAMOUS-like 71 (TAIR:AT5G51870.1); Has 6838 Blast hits to 6837 proteins in 855 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 626; Fungi - 302; Plants - 5820; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 90 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20119428..20121087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27342.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 232 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARGKIQIKR IENQTNRQVT YSKRRNGLFK KAHELTVLCD ARVSIIMFSS SNKLHEYISP NTTTKEIVDL YQTISDVDVW ATQYERMQET KRKLLETNRN 101: LRTQIKQRLG ECLDELDIQE LRRLEDEMEN TFKLVRERKF KSLGNQIETT KKKNKSQQDI QKNLIHELEL RAEDPHYGLV DNGGDYDSVL GYQIEGSRAY 201: ALRFHQNHHH YYPNHGLHAP SASDIITFHL LE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)