AT3G52090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Non-catalytic subunit common to nuclear DNA-dependent RNA polymerases II, IV and V; homologous to budding yeast RPB11 and the E. oli RNA polymerase alpha subunit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NRPB11; FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, DNA binding; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: DNA-directed RNA polymerase V complex, DNA-directed RNA polymerase II, holoenzyme, DNA-directed RNA polymerase II, core complex, DNA-directed RNA polymerase IV complex; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site (InterPro:IPR008193), DNA-directed RNA polymerase, dimerisation (InterPro:IPR011261), DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like (InterPro:IPR009025); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNApolymerase 14 kDa subunit (TAIR:AT2G29540.2); Has 990 Blast hits to 990 proteins in 256 species: Archae - 62; Bacteria - 0; Metazoa - 336; Fungi - 323; Plants - 106; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 163 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19318069..19318998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 13564.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 116 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNAPERYERF VVPEGTKKVS YDRDTKIINA ASFTVEREDH TIGNIVRMQL HRDENVLFAG YQLPHPLKYK IIVRIHTTSQ SSPMQAYNQA INDLDKELDY 101: LKNQFEAEVA KFSNQF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)