AT5G60540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pyridoxine biosynthesis 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein predicted to function in tandem with PDX1 to form glutamine amidotransferase complex with involved in vitamin B6 biosynthesis. PDX2 is predicted to function as glutaminase within the complex. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pyridoxine biosynthesis 2 (PDX2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PdxT/SNO family, conserved site (InterPro:IPR021196), SNO glutamine amidotransferase (InterPro:IPR002161); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:24336874..24338647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27439.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 255 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTVGVLALQG SFNEHIAALR RLGVQGVEIR KADQLLTVSS LIIPGGESTT MAKLAEYHNL FPALREFVKM GKPVWGTCAG LIFLADRAVG QKEGGQELVG 101: GLDCTVHRNF FGSQIQSFEA DILVPQLTSQ EGGPETYRGV FIRAPAVLDV GPDVEVLADY PVPSNKVLYS SSTVQIQEED ALPETKVIVA VKQGNLLATA 201: FHPELTADTR WHSYFIKMTK EIEQGASSSS SKTIVSVGET SAGPEPAKPD LPIFQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)