AT1G79530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase of plastid 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of the chloroplast/plastid localized GAPDH isoforms (GAPCp1/At1g79530 and GAPCp2/At1g16300). gapcp double mutants display a drastic phenotype of arrested root development, dwarfism and sterility. GAPCps are important for the synthesis of serine in roots. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase of plastid 1 (GAPCP-1); FUNCTIONS IN: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) activity, copper ion binding, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: plastid, membrane; EXPRESSED IN: guard cell, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase subfamily (InterPro:IPR000173), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain (InterPro:IPR020829), Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I (InterPro:IPR006424), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain, subgroup (InterPro:IPR020832), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site (InterPro:IPR020830), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain (InterPro:IPR020828); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase of plastid 2 (TAIR:AT1G16300.1); Has 25337 Blast hits to 25325 proteins in 6357 species: Archae - 82; Bacteria - 10921; Metazoa - 2380; Fungi - 2852; Plants - 3837; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5265 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29916232..29919088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44833.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 422 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFSSLLRSA ASYTVAAPRP DFFSSPASDH SKVLSSLGFS RNLKPSRFSS GISSSLQNGN ARSVQPIKAT ATEVPSAVRR SSSSGKTKVG INGFGRIGRL 101: VLRIATSRDD IEVVAVNDPF IDAKYMAYML KYDSTHGNFK GSINVIDDST LEINGKKVNV VSKRDPSEIP WADLGADYVV ESSGVFTTLS KAASHLKGGA 201: KKVIISAPSA DAPMFVVGVN EHTYQPNMDI VSNASCTTNC LAPLAKVVHE EFGILEGLMT TVHATTATQK TVDGPSMKDW RGGRGASQNI IPSSTGAAKA 301: VGKVLPELNG KLTGMAFRVP TSNVSVVDLT CRLEKGASYE DVKAAIKHAS EGPLKGILGY TDEDVVSNDF VGDSRSSIFD ANAGIGLSKS FVKLVSWYDN 401: EWGYSNRVLD LIEHMALVAA SH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)