AT1G43800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.973 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant stearoyl-acyl-carrier-protein desaturase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Plant stearoyl-acyl-carrier-protein desaturase family protein; FUNCTIONS IN: acyl-[acyl-carrier-protein] desaturase activity, oxidoreductase activity, transition metal ion binding; INVOLVED IN: oxidation reduction, fatty acid metabolic process, fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonucleotide reductase-related (InterPro:IPR012348), Ferritin/ribonucleotide reductase-like (InterPro:IPR009078), Fatty acid desaturase, type 2 (InterPro:IPR005067), Stearoyl-ACP desaturase, conserved site (InterPro:IPR005803); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant stearoyl-acyl-carrier-protein desaturase family protein (TAIR:AT2G43710.1); Has 962 Blast hits to 955 proteins in 224 species: Archae - 0; Bacteria - 456; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 446; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 58 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:16577662..16579549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44158.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 391 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLAHKSLLSF TTQWATLMPS PSTFLASRPR GPAKISAVAA PVRPALKHQN KIHTMPPEKM EIFKSLDGWA KDQILPLLKP VDQCWQPASF LPDPALPFSE 101: FTDQVRELRE RTASLPDEYF VVLVGDMITE DALPTYQTMI NTLDGVRDET GASESAWASW TRAWTAEENR HGDLLRTYLY LSGRVDMLMV ERTVQHLIGS 201: GMDPGTENNP YLGFVYTSFQ ERATFVSHGN TARLAKSAGD PVLARICGTI AADEKRHENA YVRIVEKLLE IDPNGAVSAV ADMMRKKITM PAHLMTDGRD 301: PMLFEHFSAV AQRLEVYTAD DYADILEFLV GRWRLEKLEG LTGEGQRAQE FVCGLAQRIR RLQERADERA KKLKKTHEVC FSWIFDKQIS V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)