AT5G39890.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.997 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF1637) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Protein of unknown function (DUF1637); FUNCTIONS IN: cysteamine dioxygenase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1637 (InterPro:IPR012864); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF1637) (TAIR:AT5G15120.1); Has 361 Blast hits to 361 proteins in 93 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 102; Fungi - 0; Plants - 224; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 35 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:15974543..15976013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30821.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 276 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTDTVMSGR VRKDLSKTNP NGNIPENRSN SRKKIQRRSK KTLICPVQKL FDTCKKVFAD GKSGTVPSQE NIEMLRAVLD EIKPEDVGVN PKMSYFRSTV 101: TGRSPLVTYL HIYACHRFSI CIFCLPPSGV IPLHNHPEMT VFSKLLFGTM HIKSYDWVPD SPQPSSDTRL AKVKVDSDFT APCDTSILYP ADGGNMHCFT 201: AKTACAVLDV IGPPYSDPAG RHCTYYFDYP FSSFSVDGVV VAEEEKEGYA WLKEREEKPE DLTVTALMYS GPTIKE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)