AT5G13420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Aldolase-type TIM barrel family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Aldolase-type TIM barrel family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity, transaldolase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transaldolase subfamily (InterPro:IPR004732), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Transaldolase, active site (InterPro:IPR018225), Transaldolase, bacterial/plant type (InterPro:IPR014634), Transaldolase (InterPro:IPR001585); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4302080..4304212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47701.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 438 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATISNLANL PRATCVDSKS SSSSSVLPRS FVNFRALNAK LSSSQLSLRY NQRSIPSLSV RCSVSGGNGT AGKRTTLHDL YEKEGQSPWY DNLCRPVTDL 101: LPLIARGVRG VTSNPAIFQK AISTSNAYND QFRTLVESGK DIESAYWELV VKDIQDACKL FEPIYDQTEG ADGYVSVEVS PRLADDTQGT VEAAKYLSKV 201: VNRRNVYIKI PATAPCIPSI RDVIAAGISV NVTLIFSIAR YEAVIDAYLD GLEASGLDDL SRVTSVASFF VSRVDTLMDK MLEQIGTPEA LDLRGKAAVA 301: QAALAYKLYQ QKFSGPRWEA LVKKGAKKQR LLWASTSVKN PAYSDTLYVA PLIGPDTVST MPDQALEAFA DHGIVKRTID ANVSEAEGIY SALEKLGIDW 401: NKVGEQLEDE GVDSFKKSFE SLLGTLQDKA NTLKLASH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)