AT5G56500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TCP-1/cpn60 chaperonin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
TCP-1/cpn60 chaperonin family protein; FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: protein folding, protein refolding, cellular protein metabolic process; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast stroma, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chaperonin Cpn60/TCP-1 (InterPro:IPR002423), Chaperonin Cpn60, conserved site (InterPro:IPR018370), Chaperonin Cpn60 (InterPro:IPR001844); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TCP-1/cpn60 chaperonin family protein (TAIR:AT3G13470.1); Has 34404 Blast hits to 34375 proteins in 8725 species: Archae - 780; Bacteria - 22076; Metazoa - 1687; Fungi - 1649; Plants - 826; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 7384 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22874058..22876966 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63328.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 597 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASTFSATSS MGSSLAPPSN RLSSFVSISS SSFGRTQSIA QRKARFPKIY AAKQLHFNKD GTAIKKLQAG VNKLADLVGV TLGPKGRNVV LESKYGSPRI 101: VNDGVTVARE VELEDPVENI GAKLVRQAAS KTNDLAGDGT TTSVVLAQGL IAEGVKVVAA GANPVLITRG IEKTTKALVA ELKKMSKEVE DSELADVAAV 201: SAGNNYEVGN MIAEAMAKVG RKGVVTLEEG KSAENSLYVV EGMQFDRGYI SPYFVTDSEK MCAEYENCKL FLVDKKITNA RDIISILEDA IKGGYPLLII 301: AEDIEQEPLA TLVVNKLRGT IKVAALKAPG FGERKSQYLD DIAALTGATV IREEVGLQLE KVGPEVLGNA GKVVLTKDTT TIVGDGSTEE VVKKRVEQIK 401: NLIEAAEQDY EKEKLNERIA KLSGGVAVIQ VGAQTETELK EKKLRVEDAL NATKAAVEEG IVVGGGCTLL RLASKVDAIK ETLANDEEKV GADIVKKALS 501: YPLKLIAKNA GVNGSVVSEK VLSSDNPKHG YNAATGKYED LMAAGIIDPT KVVRCCLEHA SSVAKTFLMS DCVVVEIKEP ESAAPAGNPM DNSGYGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)