AT1G16350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.982 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Aldolase-type TIM barrel family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Aldolase-type TIM barrel family protein; FUNCTIONS IN: IMP dehydrogenase activity, oxidoreductase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, GMP biosynthetic process, metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: IMP dehydrogenase (InterPro:IPR005990), IMP dehydrogenase related (InterPro:IPR018529), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), IMP dehydrogenase/GMP reductase (InterPro:IPR001093), IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site (InterPro:IPR015875); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Aldolase-type TIM barrel family protein (TAIR:AT1G79470.1); Has 13531 Blast hits to 12775 proteins in 2707 species: Archae - 178; Bacteria - 7353; Metazoa - 466; Fungi - 180; Plants - 86; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 5266 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5590951..5592872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54054.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 502 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGFEDGFSA EKLFSQGYSY TYDDVIFLPH FIDFSTDAVS LSTRLSKRVP LSIPCVASPM DTVSESHMAA AMAALGGIGI VHYNCDIDTQ ASVIRHAKSL 101: QVPIASDAVF KCPEHQIGSV DDFGPSSFVF VSQTGTLTPK LLGYVSKSEW SSMKDDQKEV KIYDYMKSCE NKDYYVPWDI DLDKIEAVLE DKQKGFVVLE 201: KEGETVNVVT KDDVERVKGY PKLGSGTVGA DKKWMVGAAI GTRESDKERL EHLVKAGANV VVLDSSQGNS IYQLEMIKYV KNTYPELDVV GGNVVTMYQA 301: ENLIKAGVDG LRVGMGSGSI CTTQEVCAVG RGQATAVYKV STLAAQHGVP VIADGGISNS GHIVKALVLG ASTVMMGSFL AGSTEAPGAY EYRNGRRVKK 401: YRGMGSLEAM TKGSDQRYLG DTAKLKIAQG VVGAVADKGS VLKFIPYTMH AVKQGFQDLG ASSLQSAHEL LRDNTLRLEA RTGAAQIEGG IHGLVSYEKK 501: SF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)