AT1G01820.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : peroxin 11c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of the peroxin11 (PEX11) gene family, integral to peroxisome membrane, controls peroxisome proliferation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
peroxin 11c (PEX11C); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peroxisomal biogenesis factor 11 (InterPro:IPR008733); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peroxin 11D (TAIR:AT2G45740.3); Has 289 Blast hits to 289 proteins in 81 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 46; Fungi - 41; Plants - 179; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 23 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:296213..297723 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25913.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 235 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTLETTRAE LGLVVVYLNK AEARDKICRA IQYGSKFLSD GQPGTAQNVD KNTSLARKVF RLFKFVNDLH ALISPVPKGT PLPLVLLGKS KNALLSTFLF 101: LDQIVWLGRT GIYKDKERAE ILGRISLFCW MGSSVCTSLV EVGELGRLSA SIKKLEKEIG NKDKHQNEQY RAKVEKSNER SLALIKAGMD VVVAFGLLQL 201: APKKVTPRVT GAFGFASSLI SCYQLLPSHP KSKMV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)