AT3G50210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.465 cytosol 0.386 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, iron ion binding; INVOLVED IN: aging, cellular response to starvation; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isopenicillin N synthase (InterPro:IPR002283), Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein (TAIR:AT3G49630.1); Has 8820 Blast hits to 8765 proteins in 1007 species: Archae - 0; Bacteria - 1171; Metazoa - 121; Fungi - 1080; Plants - 4768; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1680 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18614338..18616229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37223.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 332 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATDFKSLPV IDISRLLLKC DDPDMAEDVG VAEVVQQLDK ACRDAGFFYV IGHGISEDVI NKVREITREF FKLPYEEKLK IKMTPAAGYR GYQRIGENVT 101: KGIPDIHEAI DCYREIKQGK YGDIGKVMEG PNQWPENPQE FKELMEEYIK LCTDLSRKIL RGISLALAGS PYEFEGKMAG DPFWVMRLIG YPGAEFTNGQ 201: PENDIGCGAH TDYGLLTLVN QDDDKTALQV RNLGGEWISA IPIPGSFVCN IGDMLKILSN GVYESTLHRV INNSPQYRVC VAFFYETNFD AVVEPLDICK 301: QKYPGGRGGC QVFKRAVYGE HLVSKVQTNF AM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)