AT3G05970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : long-chain acyl-CoA synthetase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encode peroxisomal long-chain acyl-CoA synthetase (LACS) isozymes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
long-chain acyl-CoA synthetase 6 (LACS6); FUNCTIONS IN: long-chain fatty acid-CoA ligase activity; INVOLVED IN: long-chain fatty acid metabolic process; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-binding, conserved site (InterPro:IPR020845), AMP-dependent synthetase/ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: long-chain acyl-CoA synthetase 7 (TAIR:AT5G27600.1); Has 54528 Blast hits to 52136 proteins in 3333 species: Archae - 925; Bacteria - 35165; Metazoa - 2570; Fungi - 2253; Plants - 2087; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 11527 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1786510..1791746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76607.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 701 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSSSSSSSA AARRRINAIH SHLVTSSRSS PLLRSNPTAG EFCLDNGYSV VLPEKLNTGS WNVYRSAKSP FKLVSRFPDH PDIATLHDNF EHAVHDFRDY 101: KYLGTRVRVD GTVGDYKWMT YGEAGTARTA LGSGLVHHGI PMGSSVGIYF INRPEWLIVD HACSSYSYVS VPLYDTLGPD AVKFIVNHAT VQAIFCVAET 201: LNSLLSCLSE MPSVRLVVVV GGLIESLPSL PSSSGVKVVS YSVLLNQGRS NPQRFFPPKP DDVATICYTS GTTGTPKGVV LTHANLIANV AGSSFSVKFF 301: SSDVYISYLP LAHIYERANQ ILTVYFGVAV GFYQGDNMKL LDDLAALRPT VFSSVPRLYN RIYAGIINAV KTSGGLKERL FNAAYNAKKQ ALLNGKSASP 401: IWDRLVFNKI KDRLGGRVRF MTSGASPLSP EVMEFLKVCF GGRVTEGYGM TETSCVISGM DEGDNLTGHV GSPNPACEVK LVDVPEMNYT SADQPHPRGE 501: ICVRGPIIFT GYYKDEIQTK EVIDEDGWLH TGDIGLWLPG GRLKIIDRKK NIFKLAQGEY IAPEKIENVY AKCKFVGQCF IYGDSFNSSL VAVVSVDPDV 601: LKSWAASEGI KGGDLRELCN NPRVKAAVLS DMDTVGREAQ LRGFEFAKAV TLVLEPFTLE NGLLTPTFKI KRPQAKEYFA EAITNMYKEL GASDPSANRG 701: L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)