AT2G34690.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.382 plasma membrane 0.382 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Glycolipid transfer protein (GLTP) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Gene product transports the glycolipid precursor sphingosine between membranes in vitro. Mutant constitutively expresses defense-related genes that accompany the hypersensitive response normally triggered by avirulent pathogens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ACCELERATED CELL DEATH 11 (ACD11); FUNCTIONS IN: sphingosine transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: cell death, defense response to bacterium, incompatible interaction, response to salicylic acid stimulus; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycolipid transfer protein, GLTP (InterPro:IPR014830); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Glycolipid transfer protein (GLTP) family protein (TAIR:AT4G39670.1); Has 490 Blast hits to 489 proteins in 97 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 282; Fungi - 29; Plants - 164; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 15 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:14630425..14631779 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22681.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 206 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADSEADKPL RKISAAFKKL AIIVNSPNPE VPVTQFSHAC SLVSPLFGCL GIAFKFAEMD YVAKVDDLVR ASSSISTLVV MMDKDIEADC VRKAGSHTRN 101: LLRVKRGLDM VKVLFEQIIA SEGDNSLKDP ATKSYAQVFA PHHGWAIRKA VSLGMYALPT RAHLLNMLKE DEAAAKIHMQ SYVNSSAPLI TYLDNLFLSK 201: QLGIDW |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)