AT2G38230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pyridoxine biosynthesis 1.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein predicted to function in tandem with PDX2 to form glutamine amidotransferase complex with involved in vitamin B6 biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pyridoxine biosynthesis 1.1 (PDX1.1); FUNCTIONS IN: protein heterodimerization activity; INVOLVED IN: vitamin B6 biosynthetic process, response to absence of light; LOCATED IN: cytosol, chloroplast; EXPRESSED IN: 14 plant structures; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Vitamin B6 biosynthesis protein (InterPro:IPR001852), Ribulose-phosphate binding barrel (InterPro:IPR011060); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Aldolase-type TIM barrel family protein (TAIR:AT5G01410.1); Has 4179 Blast hits to 4172 proteins in 1294 species: Archae - 234; Bacteria - 2657; Metazoa - 13; Fungi - 160; Plants - 179; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 936 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16011475..16012404 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32863.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 309 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGTGVVAVY GEGAMTETKQ KSPFSVKVGL AQMLRGGVIM DVVNAEQARI AEEAGACAVM ALERVPADIR AQGGVARMSD PEMIKEIKNA VTIPVMAKAR 101: IGHFVEAQIL EAIGVDYVDE SEVLTLADED NHINKHNFKI PFVCGCRNLG EALRRIREGA AMIRTKGEAG TGNVVEAVRH VRSVNGAIRL LRSMDDDEVF 201: TYAKKIAAPY DLVVQTKELG RLPVVQFAAG GVATPADAAL MMQLGCDGVF VGSGVFKSGD PVKRAKAIVQ AVTNYRDAAV LAEVSCGLGE AMVGLNLDDK 301: VERFASRSE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)