AT2G38210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.762 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : putative PDX1-like protein 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
putative PDX1-like protein 4 (PDX1L4); INVOLVED IN: response to ethylene stimulus, pyridoxal phosphate biosynthetic process, response to stress; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: ovule, male gametophyte, cultured cell; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Vitamin B6 biosynthesis protein (InterPro:IPR001852); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pyridoxine biosynthesis 1.1 (TAIR:AT2G38230.1); Has 2527 Blast hits to 2526 proteins in 1015 species: Archae - 229; Bacteria - 1613; Metazoa - 13; Fungi - 150; Plants - 119; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 403 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16007198..16007437 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 8142.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 79 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MAGTGVVAVY GEGAMTETKQ KSPFSVKVGL AQMLRGGVIM DVVNAEQARI AEEAGACAVM ALERVPADIR AQGGVARFC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)