AT1G70000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : myb-like transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
myb-like transcription factor family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myb-like transcription factor family protein (TAIR:AT5G47390.1); Has 1401 Blast hits to 1395 proteins in 120 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 2; Plants - 1215; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 182 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26363674..26364635 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28794.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 261 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRSCSQCGN NGHNSRTCPT DITTTGDNND KGGGEKAIML FGVRVTEASS SCFRKSVSMN NLSQFDQTPD PNPTDDGGYA SDDVVHASGR NRERKRGTPW 101: TEEEHRLFLT GLHKVGKGDW RGISRNFVKT RTPTQVASHA QKYFLRRTNQ NRRRRRSSLF DITPDSFIGS SKEENQLQTP LELIRPVPIP IPIPPSRKMA 201: DLNLNKKKTP ATTEMFPLSL NLQRPSSSTS SSSNEQKARG SRASSGFEAM SSNGDSIMGV A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)