AT3G08505.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc finger (CCCH-type/C3HC4-type RING finger) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
zinc finger (CCCH-type/C3HC4-type RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nucleic acid binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); Has 1267 Blast hits to 1227 proteins in 242 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 594; Fungi - 258; Plants - 154; Viruses - 158; Other Eukaryotes - 103 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2580603..2582043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36564.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 323 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDRILCKFF VHGSCLKGEN CEFSHDSKDP PNNVCTFYQK RICLYGSRCR YDHVRAASNL PLSSDSESLD RSISTTPSRH LQQQGDNNDG DKSSNVYCIH 101: PREYPICSFA AAGDCPRGNQ CPHMHGDLCN TCGKKCLHPF RPEEREEHTK ECEKKQKHIE ALKQSQDIEC SVCLDRILSK ATPGERKFGL LTECDHPFCI 201: QCIRNWRSSA PVSGMDVNST LRACPICRKL SYFVVPSVVW YSSPEEKKEI IDIYKAKLRS IDCKHFNFGN GNCPFGASCF YKHAYSDGHL EEVVLRHLGS 301: QEGETVITDS IRLSEFLGGL QIF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)