AT4G34210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.558 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SKP1-like 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
one of 20 SKP1 homologs in Arabidopsis. Protein is most similar to ASK12 and RNAi lines show defects in stamen development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SKP1-like 11 (SK11); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, protein binding; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 13 plant structures; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: E3 ubiquitin ligase, SCF complex, Skp subunit (InterPro:IPR016897), SKP1 component, dimerisation (InterPro:IPR016072), SKP1 component (InterPro:IPR001232), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), SKP1 component, POZ (InterPro:IPR016073); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SKP1-like 12 (TAIR:AT4G34470.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:16379003..16379461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17289.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 3.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 152 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSKMIVLMS SDGQSFEVEE AVAIQSQTIA HMVEDDCVAD GIPLANVESK ILVKVIEYCK KHHVDEANPI SEEDLNNWDE KFMDLEQSTI FELILAANYL 101: NIKSLLDLTC QTVADMIKGK TPEEIRSTFN IENDFTPEEE EAVRKENQWA FE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)