AT5G57900.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:cytosol 0.993 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : SKP1 interacting partner 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
F-box protein, interacts with SKP1/ASK1 subunit of SCF ubiquitin ligase in a glucose-dependent manner | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
SKP1 interacting partner 1 (SKIP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNI-like superfamily protein (TAIR:AT4G30640.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23449916..23450915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 34567.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 5.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 300 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEDGSDWGG LAPEILINII SRLTIQELWT GPMFVQKSWL TVCRDPYLWS IFDLEPWFDS YPESTHLWSP EFEQKVDLML RSVVDWSEGG LTKIRVRHCS 101: DHALSYAADR CPNLQVLAIR SSPNVTDASM TKIAFRCRSL KELDISYCHE ISHDTLVMIG RNCPNLRILK RNLMDWSSRH IGSVPTEYLD ACPQDGDTEA 201: DAIGKHMINL EHLEIQFSRL SVKGLASICE GCPKLEYLDL FGCVHLSSRD ITSNVSRLKW LKEVKKPDVY VPRSGDVAQT ERYGHWRLYD ERFDIQAMRI |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)