AT4G08980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-BOX WITH WD-40 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an F-box gene that is a novel negative regulator of AGO1 protein levels and may play a role in ABA signalling and/or response. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
F-BOX WITH WD-40 2 (FBW2); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNI-like superfamily protein (TAIR:AT4G05460.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:5758993..5760108 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36484.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 317 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEDCEFRHW DELIPDALGL IFSHLPLQEV LTVVPRVCKA WNRAVTGPYC WQEIDIELWS NRFHQSDHLD RMLEMLIPRS AGSLRKLSVT GLRNDSIFSF 101: IAQHAGSLKT LKVPRSGLTN SGVVNVAEKL SSLTFLDLSY CCKIGPEAIQ AIGKHCKSLR EFCRNMHPLD VASVVSHDDE AYAIANTMPK LKRLEIAYHR 201: VSTEGVLKIL SCCVFLEFLE LRGCWDVQLD NKFFKEKFPD MKVLGPRVIG FYDMINDWED CCSDYFSDGS DYLAWEFFED GVMGEFYEDE FEHGWDDNFY 301: AENAVLDMEP HIWPPSP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)