AT1G78100.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : F-box family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
F-box family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box family protein (TAIR:AT1G22220.1); Has 149 Blast hits to 148 proteins in 12 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 149; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29387907..29388911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 36554.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 5.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 334 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDAFDAIPDP VVIDILNRVG DVKTLIRCRS VSKRFNSLAT QSESLLLQLD QILGATESDS EIDSPIASFF RSLFKSIHGL LPPIFSKPAN SDEILTRSPK 101: TPAQILSGFE RIRNLEVELY GGDVKLEKGA AVKWKAEFGK TLKSCVIVAF RSATVNTSAA TEAAAVVDGV VESDSEFVCG LKTRVVWTIS ALMAASTRHY 201: LMRDLVKDHK EMEKLIVRDS DGEGTVVMDA AGMKEYRETE VRGDNKESER VGERTVVPSV RMSMRHAPSL MLKSGICLEA ATLVVVRPTG VASDDNDVEL 301: VTEAFAGDGD DCMYGEAVTA LLKRRRNVLE MNSF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)