AT5G47370.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeobox-leucine zipper protein 4 (HB-4) / HD-ZIP protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
homeobox-leucine zipper genes induced by auxin, but not by other phytohormones. Plays opposite roles in the shoot and root tissues in regulating auxin-mediated morphogenesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HAT2; FUNCTIONS IN: transcription repressor activity, DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to auxin stimulus, auxin mediated signaling pathway, shade avoidance, regulation of transcription, DNA-dependent, unidimensional cell growth; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HD-ZIP protein, N-terminal (InterPro:IPR006712), Homeobox, conserved site (InterPro:IPR017970), Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Leucine zipper, homeobox-associated (InterPro:IPR003106), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeobox-leucine zipper protein 4 (HB-4) / HD-ZIP protein (TAIR:AT4G17460.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19216482..19217647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31729.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 283 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMMGKEDLGL SLSLGFSQNH NPLQMNLNPN SSLSNNLQRL PWNQTFDPTS DLRKIDVNSF PSTVNCEEDT GVSSPNSTIS STISGKRSER EGISGTGVGS 101: GDDHDEITPD RGYSRGTSDE EEDGGETSRK KLRLSKDQSA FLEETFKEHN TLNPKQKLAL AKKLNLTARQ VEVWFQNRRA RTKLKQTEVD CEYLKRCVEK 201: LTEENRRLQK EAMELRTLKL SPQFYGQMTP PTTLIMCPSC ERVGGPSSSN HHHNHRPVSI NPWVACAGQV AHGLNFEALR PRS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)