AT1G70920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homeobox-leucine zipper protein 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
homeobox-leucine zipper protein 18 (HB18); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: hypocotyl, root, flower; EXPRESSED DURING: 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox, conserved site (InterPro:IPR017970), Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Leucine zipper, homeobox-associated (InterPro:IPR003106), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homeobox-leucine zipper protein 17 (TAIR:AT2G01430.1); Has 12733 Blast hits to 12688 proteins in 617 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 10651; Fungi - 202; Plants - 1634; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 241 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:26736126..26738419 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23520.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 206 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALSPNSSSL DLTISIPSFS PSPSLGDHHG MRDFDINQTP KTEEDREWMI GATPHVNEDD SNSGGRRRKK LRLTKEQSHL LEESFIQNHT LTPKQKKDLA 101: TFLKLSQRQV EVWFQNRRAR SKLKHTEMEC EYLKRWFGSL KEQNRRLQIE VEELRALKPS STSALTMCPR CERVTDAVDN DSNAVQEGAV LSSRSRMTIS 201: SSSSLC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)